1. 使用空间索引
随着GIS的发展，GIS的数据量逐渐增大，使得空间数据的访问速度降低，而空间索引就是用来提高数据的空间查询和访问效率的数据结构。
地理信息系统中的空间索引是相对于字段索引而言的。由于空间数据特有的位置相关性，传统的字段索引不能满足空间数据快速定位的需求，因此需要空间索引的提供位置相关的数据的快速访问能力。
关于使用空间索引的相关操作，请参见管理空间索引。
2. 使用数据压缩编码方式
数据编码是数据在计算机中的存储方式。通常用来减少数据所占的存储空间以及提高数据的安全性，或者作为一种数据交换的格式。GIS数据分为有编码与无编码两种，而采用编码的主要目的，是用一定的压缩方法减少海量数据的存储，大大提高磁盘读写和网络传输的效率，显著提高性能。
关于数据集存储时的压缩编码方式的内容，请参见数据集压缩编码方式。